일반 조합의 경우, 매년 평균 70억원 정도의 지원을 받는 반면, 비상임 이사 조합장이 속한 조합들은 2014년의 경우 평균 120여 억원의 지원을 받았다. 게다가 특정 비상임 이사의 조합은 한 해에 무려 494억 원에 해당하는 금액을 무이자로 지원받기도 했다. 반대로 단 한 푼도 지원받지 못한 조합도 있었다.

조합상호지원자금은 각 조합에게 사실상 무이자로 자금을 지원해주는 것으로 조합자금지원심의회를 통해 지원 규모가 결정된다. 하지만 19인으로 구성된 심의회 중 10명은 농협 조합장, 5명은 농협 내부의 부서장이고 외부 인사는 3명에 불과해, 결국 중앙회장과 중앙회의 통제로부터 자유로울 수 없는 구조이다.

그간 몇 차례의 농협 지배구조 개선 결과, 적어도 겉으로 보기에는 법적인 권한과 책임을 농협중앙회장이 아닌 이사회가 갖고 있는 것처럼 보인다. 하지만 농협 직원들조차 실제로 회장의 권한이 약화됐다고는 믿지 않는다.

실제로 이사회 35명 중 절반 이상인 20명이 조합장으로 구성된 상황에서 농협중앙회장은 조합상호지원자금을 통해 이사회에 속한 조합장 이사들에게 특혜를 제공하고, 조합감사위원회를 통해 특별 감사를 실시할 수 있다. 즉 중앙회장은 비상임 이사 조합장들을 비롯해 일반 조합장들에게 강력한 재정적, 사법적 영향력을 발휘하고 있는 것이다.

이에 대해 유승우 의원은 “역대 3번의 농협중앙회장이 모두 구속됐고, 현재 최원병 회장까지 수많은 비리와 연계됐다는 의혹이 끊임없이 나오고 있는데, 결국 이는 회장 개인의 문제라기보다는 농협의 구조적인 문제라고 볼 수밖에 없다”며 “그 핵심에는 농협 상호금융이 어떻게 중앙회장과 중앙회로부터 독립할 수 있느냐에 달려있다”고 지적하면서 “상임위 차원에서라도 상호금융 독립법인화를 위한 특위를 구성할 필요가 있다”고 강조했다.
                                         조합상호지원자금 현황(2012-2014)